幕末的动乱时期，曾有志士被畏惧为“人斩刀斋”。随着新时代的到来，这个男人从人们的面前消失，成为一个名叫“最强”的传说。
时间流逝——明治十一年，东京下町。把逆刃刀放下腰部，誓言不杀的旅的剑客。绯村剑心是神谷活心流的师范代。与神谷香薰相遇。剑心以解决欺骗活心流的辻斩“人斩拔刀斋”事件为契机，寄居于薰身边。与东京府士族出身的明神弥彦、自称打架店的相乐左之助等伙伴们相遇，与过去因缘而战的宿敌们对峙。由努力生活在新时代的人们所创作的明治剑客浪漫故事，在这里开幕——！