自全人类被神秘现象瞬间石化之后，已过去了几千年——
千空，一个有着超越常人的头脑，彻头彻尾的科学少年醒来了。面对着文明已经灭绝的石之世界，千空决心以科学的力量重建地球，他找来了同伴，建立起了“科学王国”。但是，他们碰上了由灵长类最强高中生狮子王司统领的“武力帝国”。司为了净化人类，决心以强大的武力，阻止科学的发展。经过科学与武力的大战，千空等人的科学王国取得优势，两国最终和解。司因为背叛而陷入了冷冻睡眠状态，而千空为了复活全人类，决心率领科学王国前往石化光线的产生地——地球另一头的新世界。迈向全世界，解开石化之谜！
石世界的大航海时代终于拉开了序幕！